في أواخر أيامه أصيب إبراهيم باشا بن محمد علي بمرض السل ، واشتد عليه داء المفاصل ، وأخذ يبصق دمًا عند السعال ، فزاد ذلك من هموم محمد علي وحزنه ، فأرسل ولده إلى إيطاليا للعلاج ، على الرغم من أنه أدرك في قرارة نفسه أن ولده في عداد الأموات ، ويتضح ذلك جليًا مما قاله للسلطان عندما زار الآستانة في سنة 1846 ، حيث عبّر عن خوفه من ضياع إنجازاته بسبب عدم كفاءة أحفاده لتحمّل مسؤولية البلاد والعباد، فقال:

«ولدي عجوزٌ عليل ، وعبّاس -يقصد حفيده عباس حلمي الاول- متراخ كسول ، من عساه يحكم مصر الآن سوى الأولاد ، وكيف لهؤلاء أن يحفظوها؟»
بعد ذلك عاد محمد علي إلى مصر وبقي واليًا عليها حتى اشتدت عليه الشيخوخة ، وبحلول عام 1848 كان قد أصيب بالخرف وأصبح توليه عرش الدولة أمرًا مستحيلاً ، فعزله أبناؤه وتولّى إبراهيم باشا إدارة شئون الدولة .

حكم إبراهيم باشا مصر طيلة 6 أشهر فقط ، قبل أن يتمكن منه المرض وتوافيه المنيّة في 10 نوفمبر سنة 1848 ، فخلفه ابن أخيه عباس حلمي الاول وبحلول هذا الوقت كان محمد علي باشا يُعاني من المرض أيضًا ، وكان قد بلغ من الخرف حدًا لا يمكنه أن يستوعب خبر وفاة ابنه إبراهيم ، فلم يُبلّغ بالخبر أصلا الي ان لحق بإبنه ابراهيم بعد قرابة الستة أشهر و تحديدا يوم 2 اغسطس 1849 ...