تم إنجاز المرحلة الثالثة والنهائية من خط المترو الثالث بوزارة النقل، وتم تشغيلها بين مناطق إمبابة وروض الفرج وجامعة القاهرة، وتمتد على مسافة 13.7 كيلومتراً وتضم 11 محطة، منها 4 محطات تحت الأرض و5 محطات فوق الأرض ومحطتان سطحيتان.

تستهدف هذه المرحلة المناطق ذات الكثافة السكانية العالية، مثل شارع السودان وإمبابة والبوهى والقومية العربية وشارع جامعة الدول العربية، وتصل حتى جامعة القاهرة.

يتكامل خط المترو الثالث مع بقية خطوط الشبكة ووسائل النقل العام في منطقة القاهرة الكبرى، من خلال تبادل الخدمات مع الخط الأول في محطة ناصر، والخط الثاني في محطتي العتبة وجامعة القاهرة، والخط السادس في محطة العباسية، والقطار الكهربائي الخفيف في محطة عدلي منصور المركزية، ومونوريل شرق النيل في محطة الاستاد، ومونوريل غرب النيل في محطة وادي النيل.

كما يتم الربط مع الطريق الدائري عند محطة الطريق الدائري، مما يتيح ربط مترو الأنفاق مع نظام الحافلات الترددية السريعة (BRT) المعتمد على الطريق الدائري، وذلك لتحقيق تبادل الخدمات بينهما.